Wprowadzenie obowiązku zgłaszania schematów podatkowych w polskim systemie prawnym stało się jednym z najbardziej kontrowersyjnych aspektów w dziedzinie prawa podatkowego w ostatnich latach. Niejasność przepisów oraz surowe kary za niedopełnienie obowiązków raportowych spowodowały wiele trudności zarówno dla ekspertów prawa podatkowego, jak i dla samych podatników.

Nowe przepisy nie wykluczają jednak stosowania instytucji MDR wobec samorządu terytorialnego, poprzestając jedynie na ustaleniu progów „de minimis”. Kwestią, która wymaga rozważenia, jest przede wszystkim zasadność stosowania opisywanych przepisów do tej grupy podmiotów oraz  możliwość stosowania agresywnych rozwiązań optymalizacyjnych w celu uniknięcia podatków przez JST oraz potencjalne korzyści dla samorządów wynikające z takiego postępowania.

Specyfika funkcjonowania jak również znaczne wartości dokonywanych transakcji sprawiają, że jednostki samorządowe nawet nie dokonując czynności o charakterze optymalizacyjnym zostają w wielu przypadkach objęte obowiązkami MDR np. w zakresie: obowiązku stworzenia i wdrożenia procedury wewnętrznej, innych szczególnych cech rozpoznawczych czy też spełnienia kryterium kwalifikowanego korzystającego.

Niedawne „odwieszenie” obowiązku raportowania schematów podatkowych krajowych, związane z zakończeniem stanu zagrożenia epidemicznego spowodowało przywrócenie obowiązków raportowych również przez JST, które w przeważającym zakresie swojej działalności nie dokonują czynności spełniających tzw. „kryterium transgraniczne”.

Obecny okres przejściowy pozwala na podjęcie czynności mających na celu wykrycie i zaraportowanie schematów podatkowych powstałych w okresie od marca 2020 do sierpnia 2023 roku bez konieczność ponoszenia w tym zakresie dotkliwych sankcji (najwyższa grzywna przekracza kwotę 33.000.000 zł).