Obowiązek posiadania procedury wewnętrznej w zakresie MDR budzi wiele wątpliwości, które wynikają zarówno z redakcji przepisów jak i niespójności pomiędzy przepisami, a innymi aktami dotyczącymi MDR.
Najważniejsza wątpliwość dotyczy kwestii współpracy z promotorem, mianowicie z redakcji przepisu wynika, że jeżeli jednostka spełnia wymóg kwotowy i wypłaca należności promotorowi (np. doradcy podatkowemu będącemu promotorem) to wówczas ponownie zobowiązana jest do posiadania procedury wewnętrznej, nawet jeżeli doradca podatkowy jest promotorem wobec innego podmiotu. Przypomnienia wymaga również, że promotorem staje się każdy, kto opracowuje, oferuje, udostępnia lub wdraża uzgodnienie lub zarządza wdrażaniem uzgodnienia, przepisy nie wymagają jednak, aby powyższe czynności nastąpiły wobec tego samego podmiotu.
Objaśnienia podatkowe wskazują co prawda, że:
„Generalnie nie są zobowiązani do posiadania procedury wewnętrznej korzystający zatrudniający doradców (w tym doradców podatkowych / radców prawnych) na umowach o pracę. Obowiązku tego w stosunku do korzystających zatrudniających na umowach o pracę doradców (tzw. in-house) nie należy wyprowadzać ze zwrotu zastosowanego w przepisie art. 86l §1 Ordynacji podatkowej („zatrudniające promotorów lub faktycznie wypłacające im wynagrodzenie”)”.
Natomiast zastrzeżenie to nie znajduje żadnego odzwierciedlenia w przepisach prawa, nie odnosi się do sytuacji, gdy jednostka sama występuje w roli promotora (w objaśnieniach mowa jedynie o korzystającym) oraz nie reguluje sytuacji „faktycznego wypłacania promotorom wynagrodzenia” – mowa jedynie o umowach o pracę.
Uzasadnienie projektu ustawy transponującej instytucję schematów podatkowych do polskiego porządku prawnego podaje natomiast, że:
„Ustalenie limitu przychodów [w zakresie obowiązku posiadania procedury wewnętrznej] na poziomie kwoty 8 mln złotych jest wynikiem analizy przychodów największych w Polsce firm doradztwa podatkowego. Z przeprowadzonej analizy wynika, że 20 firm doradztwa podatkowego przekroczyło 8 mln zł przychodów za 2016 r. W ocenie projektodawcy limit 8 mln złotych wydaje się właściwy oraz spowoduje, że do wprowadzenia wewnętrznej procedury obowiązane będą jedynie największe podmioty doradcze”.
Z powyższego wynika zatem, że ustawodawca stworzył omawiany przepis jedynie dla przedsiębiorstw doradczych, choć intencja ta nie znalazła odzwierciedlenia w treści przepisu ani objaśnień podatkowych, co w sposób jednoznaczny nie pozwala na przyjęcie takiego poglądu.
