Przykłady zastosowania ulgi B+R można podzielić na działania nakierowane wobec produktów, jak i dotyczące procesów produkcyjnych.
Do pierwszej kategorii zaliczane mogą zostać czynności polegające na: ulepszaniu właściwości produktów, udoskonalaniu ich walorów zdrowotnych, wydłużaniu terminu przydatności do spożycia czy też tzw. „skracaniu etykiety” tj. dokonywania zabiegów polegających na wykorzystaniu wiedzy na temat synergii pomiędzy składnikami tworzącymi produkt. Druga kategoria to natomiast: usprawnianie procesów produkcji, poprawa wydajności procesów, optymalizacja wykorzystania energii oraz działania polegające na lepszej eksploatacji magazynu. Dobrym przykładem na zastosowanie ulgi badawczo – rozwojowej jest wykorzystanie jej w celu opracowania rozwiązania mającego na celu usuwanie gazów i zapachów organicznych z powietrza za pomocą naturalnie występującej ziemnej flory bakteryjnej – technologia ta jest wykorzystywana m.in. w branży mięsnej i hodowlanej. Analogicznie, z ulgi skorzystać będą mogli przedsiębiorcy, którzy zamierzają wykorzystywać w swojej działalności rozwiązania polegające na wdrażaniu innowacyjnych biogazowni.
Co istotne ustawodawca nie wyłączył z zakresu zastosowania ulgi wydatków poniesionych w celu realizacji zadań, które zostały zawieszone lub zaniechane lub których wynik był negatywny. W przypadku projektów, w których dokonano: zawieszenia prac, ich zaniechania lub których wynik był niezadowalający tj. nie przyniosły oczekiwanych rezultatów, wciąż istnieje możliwość zaliczenia poniesionych wydatków do kosztów kwalifikowanych.
Przypomnienia wymaga, że wszelkie działania podejmowane w ramach B+R muszą przybierać formę innowacyjnych badań i działań noszących cechy: systematyczności, twórczości i poszerzania stanu aktualnej wiedzy. Najczęściej cele te realizowane są poprzez wyodrębnienie odpowiednich jednostek (działów rozwoju i opracowywania nowych technologii), które odpowiedzialne są za realizację zadań nakierowanych na transformację przedsiębiorstwa. Oczywiście w początkowej fazie działania te mogą być realizowane np. przez jednego pracownika, struktura organizacyjna jest w tym zakresie nierelewantna.
Należy jednak nadmienić, że przesłanki dla zastosowania ulgi badawczo – rozwojowej nie zawsze są klarowne i mogą budzić kontrowersje i wątpliwości. Mając na uwadze powyższe, przyjętą praktyką w przypadku zamiaru zastosowania ulgi jest wystąpienie z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej prawa podatkowego do Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej. Pozytywna interpretacja indywidualna zabezpiecza podatnika przed negatywnymi konsekwencjami błędnego uznania danego projektu za objęty ulgą B+R. Podkreślenia wymaga również, że istnieje możliwość niejako „wstecznego” skorzystania z opisanej preferencji, jeżeli podatnik zakończył już innowacyjny projekt – wówczas do 5 lat wstecz (zgodnie z okresem przedawnienia zobowiązań podatkowych) możliwe jest rozliczenie w drodze korekty zeznania podatkowego uiszczonych już należności publicznoprawnych.
