Fundacja rodzinna jak każdy inny podmiot prawa podlega obowiązkowi uiszczania danin publicznoprawnych. Mając na uwadze fakt, że głównym celem dla którego powołuje się fundację rodzinną jest sukcesja działalności gospodarczej, opodatkowanie należy rozpatrywać głównie z punktu widzenia podatków dochodowych.
Wskazania wymaga, że samo założenie fundacji rodzinnej jak również przekazanie na jej rzecz majątku nie rodzi żadnych konsekwencji ani na gruncie podatków dochodowych, ani podatku od czynności cywilnoprawnych, zatem jest w tym zakresie neutralne. Fundacja rodzinna może być także podatnikiem VAT ze wszystkimi konsekwencjami.
Najistotniejsze jest jednak opodatkowanie podatkami dochodowymi. Fundacja rodzinna jest podatnikiem CIT, natomiast jej beneficjenci (co do zasady) będą zobowiązani do zapłacenia podatku dochodowego od osób fizycznych. Podatek dochodowy od osób prawnych będzie jednak opłacany przez fundację dopiero w momencie dystrybuowania dochodu (rozwiązanie analogiczne do estońskiego CIT-u) w stawce 15% dochodu. W przypadku PIT przewidziano również korzystne rozwiązanie, bowiem beneficjenci będący osobami fizycznymi, należący do najbliższej rodziny fundatora są zwolnieni z tego podatku (mowa o tzw. „zerowej grupie” w rozumieniu przepisów ustawy o podatku od spadków i darowizn). Fundacja rodzinna może również korzystać ze zwolnienia z podatku od przychodów z zysków kapitałowych (dywidend oraz odsetek) otrzymywanych od spółek, w których będzie udziałowcem albo akcjonariuszem.
Inaczej sytuacja wygląda, gdy fundacja rodzinna zdecyduje się na prowadzenie działalności gospodarczej spoza katalogu wskazanego w art. 5 ustawy o fundacji rodzinnej. W takim przypadku stawka CIT wzrasta do 25%. Natomiast jeżeli beneficjent fundacji zaliczany jest do I lub II grupy podatkowej w rozumieniu przepisów o podatku od spadków i darowizn, stawka PIT wyniesie 10% dochodu, a wobec pozostałych 15%. Z drugiej strony przychody te, jako pochodzące z innych źródeł, niezwiązanych z pracą, nie będą podlegały składkom na ubezpieczenia społeczne i zdrowotne, co w pewnym stopniu bilansuje wyższe stawki podatku dochodowego.
Wartym nadmienienia jest również fakt, że beneficjenci fundacji są zwolnieni od podatku od spadków i darowizn z tytułu uzyskanych świadczeń. Fundacja rodzinna nie może jednak dystrybuować żadnych środków na rzecz osób trzecich, które nie są jej beneficjentami. Konsekwencją takich działań jest obowiązek zapłaty przez osobę trzecia podatku od spadków i darowizn oraz PIT.
Ustawodawca nie zrezygnował jednak z objęcia fundacji rodzinnej podatkiem od dochodów z budynków. Na chwilę obecną fundacja rodzinna nie może być również właścicielem spółki opodatkowanej „estońskim CIT”.
